Gooi- en Eemmeer vormen o.a. door de voedselrijkheid een productief systeem waar planten van profiteren. Om het probleem structureel aan te pakken is het vooral belangrijk om aan de nutriëntenknop te gaan draaien. Nutriënten zijn afkomstig uit het stroomgebied van de Eem (RWZI, landbouw, afspoeling verhard oppervlak, etc)
De analyse (water- en stoffenbalansen) laat zien dat afspoeling en uitspoeling uit landbouwpercelen de grootste bijdrage levert aan de nutriëntenbelasting. Het omlaag brengen van de nutriëntenlast is een gezamenlijke verantwoordelijkheid van onder andere het Rijk, provincies, waterschappen en de landbouwsector. Dat is een complex en langjarig proces. Het draaien aan de nutriënten-knop is dus geen quickfix.
In dit verband is het interessant hoe de landelijke discussies over stikstof, kringlooplandbouw, vitale bodem en de droogtediscussie zich gaan ontwikkelen. Er is een trend richting meer bewustwording van het versterken van het natuurlijk systeem in de landbouw. Als die ontwikkelingen ten gunste zijn van af- en uitspoeling op het Eemmeer, dan is dat een vehikel om de kwaliteit van het Gooi- en Eemmeer te verbeteren.
Naast aan het draaien van de nutriëntenknop is versterking van het natuurlijk ecosysteem door herinrichting denkbaar. Dit is echter alleen effectief in combinatie met nutriëntenreductie.