Rijkswaterstaat Midden Nederland is aangewezen als coördinerend beheerder voor het opstellen van de beheerplannen voor de Natura2000-gebieden in het IJsselmeergebied. Het concept-beheerplan N2000 IJsselmeergebied is in juli 2012 besproken in de commissie van Rijk en provincies. Na duidelijkheid over de financiering van de in het beheerplan opgenomen maatregelen – naar verwachting  medio  2015 –, zal het beheerplan als ontwerpbeheerplan N2000 IJsselmeergebied eind 2015 ter visie wordt gelegd, in overeenstemming met afdeling 3.4 van de Algemene wet bestuursrecht.